짐과 아버지가 경영하는 벤보우 주점에 한 사나이가 들어온다. 그리고 어린 짐에게 자신은 부자 선장이라며 항해 이야기를 해준다. 짐은 검둥개, 외다리 같은 해적들의 이야기를 듣고 흥미로워 한다. 어때 검둥개가 나타나 선장을 발견하고 보물 지도를 내놓으라고 하지만 선장은 내어주지 않는다. 결국 검둥개와 선장은 싸우게 되고 그러던 중 검둥개가 총을 쏘고 선장의 가방을 훔쳐 달아난다. 선장은 몰래 숨겨두었던 보물지도를 짐에게 건네주며 보물을 찾아 불쌍한 사람을 도와주라는 말을 남기고 사라진다. 짐과 리브지 의사는 보물을 찾아 떠나기로 결심한다. 리브지 의사가 항구에 나가 함께 떠날 선원들을 구해 배를 타고 출발한다. 그러나 선원으로 분장한 해적들은 보물섬에 도착하면 짐과 지브리 의사를 해치우고 보물을 훔쳐 갈 음모를 꾸미고 보물섬에 도착하자 짐과 리브지 의사를 밧줄로 묶고 보물 지도를 빼앗으려 한다. 짐과 리브지 의사는 해적들을 설득하려하지만 해적들은 욕심을 버리지 않고, 이에 짐과 리브지 의사는 그들에게서 도망친다. 허겁지겁 도망을 치던 짐과 리브지 의사는 서로를 잃어버리게 되고만다. 그러던 중, 3년전 보물을 찾아러 왔다가 해적으로부터 버림을 받은 벤건을 만나게 되는데... 짐의 모험은 무사히 끝날 수 있을까?