옛날에 아이를 갖고 싶어 하는 부유한 여인이 있었는데 어느 날 부인의 간절한 소원을 들은 마녀 할멈의 도움으로 마법의 꽃씨 하나를 얻게 된다. 얼마후 여인이 정성스럽게 키운 꽃 봉우리 속에서 작고 예쁜 아이가 태어난다. 이 아이는 엄지손가락 만큼 작았지만 세상 그 누구보다 귀엽고 사랑스러웠다. 이 여인은 아이를 엄지공주라 부르며 늘“넌 최고야!”라고 말해 주곤 했다. 그러던 어느날 개구리 엄마가 자신의 아들을 결혼시키기 위해 자고 있던 엄지공주를 몰래 신부감으로 데려 가게 되면서 엄지공주의 모험과 여행이 시작된다. 다행히 물고기들의 도움으로 숲으로 도망친 엄지공주는 청혼 선물을 찾고 있는 풍뎅이를 만난다. 풍뎅이의 간곡한 부탁으로 그의 청혼 선물이 되지만 암컷 풍뎅이들의 조롱만 받고 넓은 숲에 혼자 남게 된다. 그때“넌 최고야!”라고 말해 주던 엄마를 떠올리며 다시 용기를 낸다. 공중 세바퀴를 성공 시키려는 우당탕 제비를 만나 친구 사이가 되지만 곧 제비는 떠나고 쥐 아줌마의 은혜로 추운 겨울을 따뜻한 곳에서 노래하며 지낼 수 있게 된다. 쥐 아줌마의 소개로 두더지씨를 알게 되고, 두더지씨의 터널에서 죽어가는 우당탕 제비를 다시 만나 긴 겨울 동안 극진한 간호로 우당탕 제비를 살려낸다. 한편, 부자인 두더지씨의 청혼을 받게 된 엄지 공주는 고민에 빠진다. 결국 엄지공주는 결심하고 제비의 도움으로 그 곳을 떠난다. 하늘을 날아 아주 멀리 도착한 곳은 온갖 꽃들이 피어 있는 꽃의 요정나라. 모두의 환영과 함께 엄지공주는 진정으로 사랑을 느끼게 해준 왕자를 만나게 되고, 그곳에서 최고의 요정이 된다.
